الادارة العامة لشئون الأسرى :

وتقوم هذه الدائرة بمتابعة تسجيل الأسرى والمحررين منهم , وتوفير ملفات لجميع المسجلين .

-   دائرة الرعاية والإرشاد : حيث تقوم عبر برنامج سنوي بتنفيذ زيارات ميدانية لذوي الأسرى والتواصل معهم , وإعداد تقارير بحث اجتماعي لعدد من الحالات الخاصة , وتوفير بعض المساعدات عبر المساعدات الحكومية .

-   دائرة التأمين:حيث تقوم هذه الدائرةبتقديم خدمة التامين الصحي لعائلة الأسير والأسير المحرر وفق القوانين المختصة بهذا البرنامج وبالتنسيق مع وزارة الصحة.

- دائرة الأسرى والمستحقات: وتقدم خدمات لكل من الاسرى داخل السجون والمحررين وتتمثل في توفير رواتب الأسرى داخل السجون ومتابعة حصول المحررين على مخصصاتهم المالية وفق ما أقره القانون الفلسطيني لسلم الرواتب.

-   دائرة الاتصال بالأسرى داخل السجون : تقوم الدائرة بالتواصل مع معظم السجون بشكل يومي وخاصة من الأسرى المكلفين في السجن بهذا الأمر لمتابعة شئون الأسرى وأي تطورات داخل السجن وعرض قضاياهم وطلباتهم على المختصين داخل الوزارة أو خارجها , إلى جانب متابعة الانتهاكات اليومية التي يواجهونها من قبل إدارة مصلحة السجون.

- دائرة التعليم والتدريب : وتقوم هذه الدائرة بتقديم منح دراسية لذوي الأسير داخل سجون الاحتلال (الأبناء والزوجة), بالإضافة إلى منح للمحررين , وعمل معادلات لشهادات البكالوريوس والماجستير مصدقة من التربية والتعليم (لمن حصل عليها داخل السجن).

واستصدار شهادات دورات (إتمام حفظ القرآن الكريم – تلاوة وتجويد عليا – سند بالقراءة والإقراء) للأسرى داخل سجون الاحتلال بالتعاون مع وزارة الأوقاف والشئون الدينية.

إلى جانب ذلك عمل شهادات للأسرى لبعض الدورات الثقافية التي يعقدونها داخل السجن, معتمدة من وزارة الأسرى والمحررين وعدة جهات كوزارة العمل ووزارة التربية والتعليم, ومتابعة الشؤون التعليمية والأكاديمية للأسرى داخل سجون الاحتلال.

الإدارة العامة للعلاقات العامة والإعلام

ويتبع الإدارة عدة دوائر ذات مجالات متنوعة :

-   دائرة العلاقات العامة : وتقوم بالتواصل المستمر مع مؤسسات بما يعزز الارتقاء بهذه الشريحة من المجتمع , عن طريق عدة أنشطة وفعاليات ولقاءات وندوات في مناسبات خاصة وعامة الى جانب التواصل مع ذوي الأسرى والأسرى المحررين في المناسبات المختلفة الخاصة والعامة  .

-   الدائرة الإعلامية : وتختص بإصدار التقارير المتعلقة بالانتهاكات والأخبار اليومية الواردة من داخل السجون وتعميمها على وسائل الاعلام والمشاركة بالبرامج الإذاعية والتلفزيونية ونشر آخر الإحصائيات المتعلقة بإعداد الأسرى وإصدار البيانات في المناسبات الخاصة والعامة والتواصل مع الجهات الإعلامية فيما يتعلق بقضية الأسرى والإعداد لمؤتمرات صحفية وندوات في مناسبات مختلفة .

-   دائرة الأنشطة والفعاليات : تقوم هذه الدائرة بالتجهيز والإعداد لفعاليات الوزارة من توفير الأدوات اللوجستية للفعالية إلى ذلك تشرف عن المعرض الفني لمشغولات الأسرى بالوزارة وتزويده بلوحات ومشغولات تبرز معاناة الأسرى من خلال هذه الأعمال .

-   الدائرة القانونية : تعمل هذه الدائرة على إعداد المذكرات القانونية والتقارير الدورية المتعلقة بانتهاك المواثيق الدولية فيما يتعلق بمعاملة الأسرى الفلسطينيين ومحاولة التنسيق مع محامي الداخل الفلسطيني ومؤسسات حقوقية لإيصال قضية الأسرى الفلسطينيين للمؤسسات والمحاكم الدولية .

-   دائرة العلاقات الدولية : تشرف هذه الدائرة على استقبال الوفود الدولية المتضامنة مع قضية الأسرى الفلسطينيين ومحاولة التعريف بالقضية عن طريق التنسيق للقاءات مع ذوي الأسرى , إلى ذلك تعمل الدائرة على توفير مواد وفواصل إعلامية مترجمة , وتقوم هذه الدائرة بالتواصل مع مؤسسات دولية ومحاولة التنسيق لفعاليات دولية مساندة لقضية الأسرى والمشاركة في مؤتمرات دولية تدعم وتدول قضية الأسرى الفلسطينيين .

-   دائرة التوثيق : وتعمل هذه الدائرة على توثيق الفعاليات والنشاطات التي تنفذها الوزارة وتحتفظ بها كأرشيف يتم الاستفادة منه لاحقا .

الإدارة العامة للشؤون والإدارية المالية :

هدفها تطبيق سياسة وخطط وزارة شؤون الأسرى في النواحي الإدارية والمالية للوصول إلى القدر الأعلى منالانتاجية وتقديم الخدمات وإدارة الموارد والمحافظة على الأصول المالية الخاصة بالوزارة

مهام الإدارة العامة للشؤون الإدارية والمالية.

• وضع السياسات والخطط المتعمدة في إدارة الشئون الإدارية والمالية والأشراف على عمل الأقسام التابعة لها والمشاركة في رسم السياسات العامة للوزارة ووضع التصورات المستقبلية .
• اعداد مشاريع الموازنات السنوية الخاصة بعمل الوزارة ومتابعة تنفيذها
• إعداد وإصدار التعليمات واللوائح الإدارية والقرارات المنظمة لعمل الوزارة الإداري بما يضمن حسن سير العمل من الناحية الإدارية والتنسيق مع ديوان الموظفين العام.
•